Năm 1895, Huỳnh Thúc Kháng kết hôn với bà Nguyễn Thị Sắt (1881-1953). Ông và bà Sắt có hai người con gái chung là Huỳnh Thị Xuân Lan, thường gọi là cô Yển (1903-1930), và Huỳnh Thị Thu Cúc, thường gọi là cô Kình (1908-1927).[5]

Năm 1924, theo lời thúc giục của bà Sắt để có con trai, ông lấy vợ hai là bà Hồ Thị Chuông (hoặc Chưởng) là người cùng làng. Tuy nhiên, ông và bà Chuông không có con chung. Năm 1933, bà Chuông ra Huế thăm ông và mất tại đây.[5]